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当时的大多数媒体和公众对牛顿的认识仅止于「科学家」。然而,牛顿的大部分工作都致力于神学、神秘主义和炼金术。根据牛顿的说法:「无神论是如此荒谬。当我观察太阳系时,看到地球到太阳的距离,刚好使地球得到适量的光和热。这可不是偶然的现象。」牛顿关于这些主题的大量著作展现了他对揭示隐藏的真理和宇宙潜在秩序的追求,将科学探究与灵性探索融合在一起。正如他所言:「我相信我越研究科学,就越相信上帝。」关于艾萨克·牛顿爵士的饮食习惯,长期以来一直有所猜测,尤其关于他是否为素食主义者。牛顿的侄女提到他的晚年是如何排斥吃动物族人肉。牛顿对动物公民的同情是有据可考的。与牛顿同时代的伏尔泰曾这样描述牛顿的人道情怀:「人类有一种怜悯的性情一如其他本能一样普遍。牛顿培养了这种人性的情感,他将其扩展到…动物。与洛克一样,他坚信上帝赋予了动物某种程度的思想,以及与我们相同的情感。他无法相信上帝既然不徒劳创造一切会赋予他们感官,却不让他们有感觉。他认为,相信动物有感觉,却同时又让他们受苦是非常可怕的矛盾。在这一点上,他的道德观与他的哲学是一致的。」一六九○年代,艾萨克·牛顿爵士撰写了大量宗教著作,深入研究圣经文本的诠释。他的大量手稿,包括神学、炼金术及编年史,几个世纪以来,基本上都无法公开。现在,总部设在牛津大学的「牛顿计画」在转录和数位化,艾萨克·牛顿爵士的著作方面取得了重大进展,使世界各地的学者和公众都能取得这些著作。他的著作深入探讨了诸如所罗门圣殿的规模、预测世界末日的计算,以及神性等主题。艾萨克·牛顿爵士的诠释反映了他的千禧年前末世论,他认为基督再临,将先于千禧年到来,引领地球迈向一个神圣的国度。